I samarbete med Naturvårdsverket byggde SMHI 1985 upp en databas över svenska vattendrag, vilken fick namnet Svenskt Vattendragsregister. Behovet av en sådan databas var stort inom miljöområdet, och det centrala var att ge vattendragen unika identiteter. Som identitet valdes x- och y-koordinaten för en punkt vid vattendragets mynning i analogi med Svenskt Sjöregister, i vilket identiteten för sjöarna skapades från x- och ykoordinaten för en punkt vid deras utlopp.Urvalet av vattendrag gjordes från "De svenska vattendragens arealförhållanden" som innehåller information om avrinningsområden, och som publicerades av SMHI/SMHA under åren 1917 - 1951. Kompletteringar gjordes framförallt i norra Sverige för att få med alla vattendrag med ett avrinningsområde om minst 50 krn2 . I den första versionen ingick cirka 2800 vattendrag. Dessa digitaliserades av Lantmäteriet från den dåvarandeöversiktskartan i skala 1 :250 000 och lagrades i SMHis första GIS-system HYPOS, HYdrologiskt POSitionssystem. Detta var ett söksystem genom vilket man kunde söka ut var i ett ytvattensystem en punkt ligger.En komplettering gjordes därefter till cirka 5300 vattendrag, och registret har sedan successivt uppdaterats. Den senaste versionen av registret innehåller 7300 vattendrag. De flesta kompletteringar som har gjorts avser mindre vattendrag, som inte finns digitalt beskrivna i HYPOS.Önskemål om en bättre digital beskrivning av Sveriges ytvattensystem och moderna GIS-system med verktyg för analyser av digitala geografiska data innebar att SMHI i slutet av 1990-talet beslöt att bygga upp ett nytt vattendragsregister. Som underlag till registret har kartskikt från Lantmäteriets Geografiska Sverigedata (GSD), i första hand GSD-översiktskartan i skala 1 :250 000, använts. Det nya registret innehåller information om cirka 26 300 vattendrag.