Vid upprättandet av sjöregistret utgick SMHI från den aktuella topografiska kartan och tog i grundversionen med alla blå ytor större än 0.01 km2 dvs 1 ha (1 ha= 100x100 m). Detta innebär att även tjärnar, gölar, vissa dammar mm är medtagna i sjöregistret. Det kan också innebära att vissa vattenytor idag är helt igenvuxna och egentligen bör betecknas som våtmark. En annan oklar gränsdragning är övergången mellan sjö och vattendrag som sammanhänger med inlopps- och utloppssektioner samt genomströmning.Många svenska sjöar är reglerade och i flera fall består nuvarande regleringsmagasin av flera sjöar. Dessa magasin är medtagna i sjöregistret.Sjösänkningsföretagen under 1800-talet och början av 1900-talet har på flera håll drastiskt minskat antalet sjöar. Genom naturliga processer sker också hela tiden förändringar av sjöarna. lgenväxning minskar sjöytan, många torvmarker har varit sjöar, sedimentation och erosion förändrar strand och bottenförhållanden, landhöjningen skapar nya sjöar osv.Av detta följer att antalet sjöar aldrig kan bli någon exakt siffra. I sjöregistret finns idag 54 000 sjöar.